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Aktuelle Information zur SARS-CoV-2 RNA Diagnostik

Das SARS-CoV-2 Virus (Severe acute respiratory syndrome coronavirus type 2) ist ein neues Coronavirus (Genus: Betacoronavirus, Subgenus: Sarbecovirus) das Anfang 2020 als Auslöser der COVID-19 Erkrankung identifiziert wurde. Der Virusnachweis erfolgt in der Regel aus Nasen-Rachenabstrichen. Die klinische Präsentation der Krankheit ist unspezifisch bzw. kann klinisch nicht von der saisonalen Grippe differenziert werden.  Zur Verbesserung des Managements der Patienten und zur Begrenzung der Ausbreitung des Virus ist daher eine robuste und genaue Diagnostik erforderlich. Nach den Leitlinien der WHO ist der Goldstandart der Diagnostik der direkte Virusnachweis, da er spezifisch ist und eine Diagnose auch schon vor dem Auftreten der Symptome ermöglicht.

Wir verwenden im IMD ab sofort zwei verschiedene CE-zertifizierte Methoden zum Nachweis des SARS-CoV-2 Virus, um unabhängig zu sein von den derzeit vorkommenden passageren Lieferschwierigkeiten einzelner Hersteller. Beide Teste sind in ihrer Aussagekraft gleichwertig. Wir sind so in der Lage i.d.R. ohne Zeitverzögerung jederzeit eine SARS-CoV-2 Virusdiagnostik anbieten zu können. Die Zuordnung der eingehenden Proben zu einer der zwei Methoden erfolgt nach der Verfügbarkeit der Methode zum Zeitpunkt des Eintreffens der Probe im Labor.

Der Allplex™ 2019-nCoV Assay ist ein in-vitro-diagnostischer (IVD) Echtzeit-Test.  Das  Testprinziep des Allplex™ 2019-nCoV Assays ist eine Echtzeit-reverse Transkriptionspolymerase-Kettenreaktion (RT-PCR). Das 2019-nCoV Primer- und Sondenset(s) dient dem Nachweis von RNA des 2019-nCoV Virus in menschlichen Nasen-Rachenabstrichen, Oropharynxabstrichen, vorderen Nasenabstrichen, mittleren Nasenabstrichen, Nasenspülungen/-aspiraten, Nasensaugern, bronchoalveolären Lavagen (BAL) und Sputumproben. Der Allplex 2019-nCoV-Test (Seegene, Seoul, Süd Korea) wurde für den Nachweis von drei viralen Genen konzipiert: das E Gen (spezifisch für die Untergattung Sarbecovirus), sowie die das N und das RdRP-Gene (beides Spezifika der SARS-CoV-2). Die Zahl der nötigen Zyklen zum Nachweis der Virus RNA wird als CT Wert bezeichnet. Je weniger Zyklen man benötigt, desto höher ist die Viruskonzentration in der Ausgangsprobe. Die CT-Werte sind jedoch nicht standardisiert zwischen verschiedenen Laboren, sodass ein Vergleich der CT-Werte zwischen verschiedenen Laboren nicht sinnvoll ist.

Das zweite im IMD verwendete Verfahren ist das Aptima SARS-CoV-2 Verfahren.  Es handelt sich hier um ein neues, vollautomatisches Hochdurchsatz-Nukleinsäure-Amplifikationstest-System für den Nachweis von SARS-CoV-2. Es werden zwei separate Zielsequenzen in der 1ab-Region (ORF1ab) des SARS-CoV-2-RNA-Genoms amplifizieren.  Die Transkription-vermittelte Verstärkungsreaktion (TMA) umfasst die isotherme Amplifikation der rRNA durch reverse Transkription und die anschließende Erzeugung zahlreicher Transkripte durch RNA-Polymerase. Nach der Amplifikation werden diese RNA-Kopien mit einer komplementären Oligonukleotidsonde hybridisiert, um sie dann mittels Chemiluminesz nachzuweisen.

Die analytische Sensitivität ist nahezu 99%. Bei der Untersuchung von sechs verwandten menschlichen Coronaviren sowie 24 anderen viralen, pilzlichen und bakteriellen Pathogenen bei hohen Titern wurde keine Kreuzreaktivität oder Interferenz beobachtet.

Beide Verfahren sind gleichwertig, die CT Werte der klassischen RT-PCR zur SARS-CoV-2 Methode können nicht in Lichtintensitäten des Aptima SARS-CoV-2 Verfahrens umgerechnet werden, ebenso ist eine Umrechnung von Lichtintensitäten (RLU) nicht in CT-Werte möglich.

(Stand 16.11.2020)