Informationen zu der am IMD Berlin angewandten SARS-CoV-2-RNA-Diagnostik (PCR) (Stand 05.09.2022)

Das SARS-CoV-2 Virus (Severe acute respiratory syndrome coronavirus type 2) ist ein neuartiges Coronavirus (Genus: Betacoronavirus, Subgenus: Sarbecovirus) das Anfang 2020 als Auslöser der COVID-19 Erkrankung identifiziert wurde. Der Virusnachweis erfolgt in der Regel aus Nasen- oder Rachenabstrichen. Die klinische Präsentation der Krankheit ist unspezifisch bzw. kann klinisch nicht von der saisonalen Grippe differenziert werden.  Zur Verbesserung des Managements der Patienten und zur Begrenzung der Ausbreitung des Virus ist daher eine robuste und genaue Diagnostik erforderlich. Nach den Leitlinien der WHO ist der Goldstandart der Diagnostik der direkte Virusnachweis, da er spezifisch ist und eine Diagnose auch schon vor dem Auftreten der Symptome ermöglicht.

Der verwendete Aptima® SARS-CoV-2/Flu Assay der Firma Hologic ist ein in-vitro-diagnostischer (IVD) Echtzeit-Test.  Der Aptima® SARS-CoV-2/Flu Assay vereint dabei die Technologien von Target Capture, Real-Time Transkriptions-vermittelter Amplifikation (RT-TMA) und RT-Detektion der Amplikons mit fluoreszenzmarkierten Sonden. Mit dieser Methode werden zwei konservierte Regionen des ORF1ab Gens für SARS-CoV-2 detektiert.

Die vom Assay ausgegebene TTime bei der SARS-CoV-2 Diagnostik (Zeit bis ein positives Signal detektiert wird) wird in ein Ct-Äquivalent umgerechnet. Das Ct-Äquivalent gibt wie der Ct-Wert Rückschlüsse auf die Viruslast in der Probe an.

Für das Ct-Äquivalent wurde die TTime von Proben mit bekannter Viruslast mit dem Aptima® SARS-CoV-2/Flu Assay ermittelt. Zusätzlich wurde der Ct-Wert mit dem Allplex™ nCoV19 PCR Assay bestimmt. Anhand dieser Korrelation (siehe Abbildung 1) kann eine Formel für die Umrechnung der TTime in ein Ct-Äquivalent aufgestellt werden. Die errechneten Ct-Werte stimmen durchgehend mit den Ct-Werten des Seegene Assays überein (siehe Tabelle 1).

Abb. 1 Korrelation der ermittelten TTime und der Ct-Wert
 

Tabelle 1 Vergleich Ct-Äquivalent und Ct-Werte

Die Ct-Werte sind nicht standardisiert, sodass ein Vergleich der Ct-Werte zwischen Laboren oder unterschiedlicher Methoden nicht sinnvoll ist.

Der vom RKI definierte Schwellenwert für die Entisolierung ab einer Viruslast von < 1.000.000 (10^6) Kopien/ml entspricht bei der verwendeten Methode einem Ct-Äquivalent von 27.

Aufgrund der geänderten Coronavirus-Testverordnung vom 12.02.2022 entfällt weiterhin der generelle Anspruch auf Abklärung der Virusvarianten von SARS-CoV-2. Stichprobenartige Genomsequenzierungen bei positiven Testergebnissen zur Überwachung neu auftretender Varianten gemäß Corona-Surveillanceverordnung werden unabhängig davon weiterhin durchgeführt.

(Stand 05.09.2022)